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La encefalomielitis miálgica / síndrome de fatiga crónica (EM/SFC) se caracteriza por una fatiga persistente inexplicable, comúnmente acompañada por la disfunción cognitiva, trastornos del sueño, intolerancia ortostática, fiebre, linfadenopatía, y síndrome de intestino irritable (IBS, por sus siglas en inglés). El grado en que el microbioma gastrointestinal y la inflamación periférica están asociados con la EM / SFC es poco conocido.

Dorottya Nagy-Szakal y colegas de la Universidad de Columbia, realizaron una rigurosa caracterización clínica, analizando la metagenómica bacteriana fecal y moléculas inmunitarias en plasma en 50 pacientes y 50 controles sanos emparejados por edad, sexo, raza / origen étnico, lugar geográfico, y estación de muestreo.

El análisis topológico reveló asociaciones entre la comorbilidad por IBS, índice de masa corporal, composición bacteriana fecal y las vías metabólicas microbianas, pero no con moléculas inmunes en plasma. La comorbilidad con IBS fue el factor más determinante en la separación de las redes topológicas en base a perfiles bacterianos y las vías metabólicas. Los modelos de selección predictivos basados  en perfiles microbiológicos apoyan los hallazgos de los análisis topológicos indicando que los subgrupos con EM / SFC definidos por el estado de IBS, podían distinguirse de los sujetos control con alta exactitud de predicción. Los taxones bacterianos predictores de EM / SFC en pacientes con IBS eran distintos de los taxones asociados con EM / SFC en personas sin IBS.

El aumento de la abundancia de Alistipes sin clasificar y la disminución de Faecalibacterium fueron los mejores biomarcadores de EM/SFC con IBS. Por otro lado, una mayor abundancia de Bacteroides sin clasificar y la reducción de Bacteroides vulgatus fueron los mejores biomarcadores de EM/SFC sin IBS. A pesar de las diferencias en los resultados de taxones bacterianos y las vías metabólicas la definición de los subgrupos EM/SFC, la disminución de las rutas metabólicas asociadas con la biosíntesis de ácidos grasos insaturados y el aumento en rutas de degradación de atrazina fueron independientes del IBS. Adicionalmente, el incremento de la biosíntesis de vitamina B6 y la degradación de pirimidina fueron las mejores vías metabólicas en EM/SFC sin IBS, así como en el total de la cohorte EM/SFC. En los subgrupos EM/SFC, las medidas de gravedad de los síntomas incluyeron dolor, fatiga, y la reducción de la motivación, que se correlacionaron con la abundancia de diferentes taxones y rutas metabólicas bacterianas.

En resumen, independientemente del IBS, la fatiga crónica se asocia con disbiosis y distintas alteraciones metabólicas bacterianas que pueden influir en la gravedad de la enfermedad. Sin embargo, los hallazgos indican que las características de disbiosis que están únicamente relacionadas con EM / SFC pueden estar enmascaradas por la alta prevalencia del IBS en concomitancia con EM / SFC.