Inmediatamente después del nacimiento, los recién nacidos experimentan una rápida colonización por microorganismos de sus madres y del entorno circundante. Las enfermedades en la infancia y en etapas posteriores de la vida están potencialmente mediadas por la perturbación de la colonización de la microbiota intestinal del lactante. Sin embargo, los efectos del parto por cesárea en las primeras etapas de la adquisición y desarrollo de la microbiota intestinal, durante el período neonatal (≤1 mes), siguen siendo controversiales.

En este estudio se reportó la transmisión interrumpida de cepas maternas de Bacteroides, y la colonización de alto nivel por patógenos oportunistas asociados con el ambiente hospitalario (incluyendo especies de Enterococcus, Enterobacter y Klebsiella), en bebés nacidos por cesárea. Estos efectos también se observaron, en menor medida, en los nacidos por vía vaginal cuyas madres se sometieron a profilaxis antibiótica y en bebés que no fueron amamantados durante el período neonatal. Se aplicó un muestreo longitudinal y un análisis metagenómico a 1.679 muestras de microbiota intestinal (tomadas en varios momentos durante el período neonatal y en la infancia) de 596 recién nacidos a término en hospitales del Reino Unido. Para un subconjunto de estos recién nacidos, se recogieron muestras adicionales de madres (175 madres emparejadas con 178 recién nacidos).

Los resultados mostraron que el modo de parto es un factor significativo que afecta la composición de la microbiota intestinal a lo largo del período neonatal y en la infancia. El cultivo a gran escala y la secuenciación de todo el genoma de más de 800 cepas bacterianas de estos bebés permitió la identificación de factores de virulencia y resistencia clínicamente relevantes en patógenos oportunistas que pueden predisponer a los individuos a futuras infecciones oportunistas. 

En suma, estos hallazgos destacan el papel crítico del medio ambiente local en el establecimiento de la microbiota intestinal en los primeros años de vida, e identifican la colonización con patógenos oportunistas que contienen resistencia a los antimicrobianos como un factor de riesgo previamente subestimado en los partos hospitalarios.