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Los atletas de élite suelen seguir estrictos regímenes de entrenamiento y dieta para maximizar su rendimiento. A pesar de décadas de investigación, el debate en torno a la nutrición óptima persiste. Está bien establecido que la utilización de los carbohidratos y el rendimiento están intrínsecamente relacionados. 

La implementación de dietas altas en proteínas durante el entrenamiento se han convertido en regímenes cada vez más populares entre los atletas  en parte para compensar los estados de agotamiento de carbohidratos. A pesar de sus ventajas, el impacto en la homeostasis intestinal es un área de controversia, en particular, sus efectos en el metabolismo y la expresión génica, tanto de los microbios intestinales, como de las células epiteliales del huésped.

Un estudio de la Universidad de Hertfordshire en el Reino Unido exploró el impacto de las dietas agudas con alto contenido de proteínas o carbohidratos en la resistencia y los cambios de la comunidad microbiana intestinal asociados. En una cohorte de corredores se midieron los resultados del rendimiento, así como las comunidades bacterianas, virales y de bacteriófagos del intestino en un ensayo de control aleatorio con diseño de medidas repetidas y doble ciego.

El análisis encontró una diversidad significativamente reducida y una composición alterada del fagoma intestinal, así como niveles más altos de ciertos tipos de virus y compartimentos bacterianos. Los participantes cuyo microbioma intestinal era más estable obtuvieron mejores resultados en las pruebas contrarreloj.

La estabilidad de la microbiota intestinal se asoció con un mayor rendimiento deportivo cuando los individuos altamente entrenados se sometieron a una periodización dietética. 

En quienes seguían un régimen alto en proteínas, se producía una mayor alteración que iba acompañado de una reducción del 23,3% en el rendimiento.

Los investigadores sostienen que las dietas estaban bien controladas y cuidadosamente equilibradas, por lo que sugieren que es poco probable que la proteína en sí misma causara el descenso.