Se ha sugerido que "errores" en el despertar del sueño contribuirían a provocar el síndrome de muerte súbita del lactante (SMSL). Una escasa predisposición para despertar correctamente podría disminuir la posibilidad de los infantes para sobrevivir cuando están expuestos a condiciones nocivas durante sueño. Los lactantes con un aparente acontecimiento peligroso para la vida suelen tener menos despertares que aquellos considerados como normales. Informes sobre análisis del ritmo cardíaco y variabilidad de respiración en niños que murieron de SMSL han concluido de que estos se encontraban con mayor frecuencia despiertos durante la parte inicial de la noche y dormían más durante el final del sueño que aquellos que integraban grupos de control. Polisomnografías han confirmado también que las víctimas que sucumbirían al SMSL en el futuro tenían pocos movimientos de cuerpo y pasaban menos tiempo despiertos que sujetos de control. El despertar refleja una activación progresiva de varias estructuras, de las áreas subcorticales a las áreas corticales. En infantes sanos, los comportamientos secuenciales del despertar tales como suspiros, sobresaltos y movimientos de las extremidades preceden a un correcto despertar. Los despertares completos incluyen la activación autonómica y cortical, alternativamente, la activación subcortical o autonómica sin implicación cortical representan reacciones incompletas del despertar.

Pediatras de las universidades de Nagoya en Japón y Bruselas en Bélgica emprendieron un estudio para determinar y evaluar las características del despertar del sueño en lactantes que eventualmente murieron de síndrome de muerte súbita, para lo cual, se consideraron datos de monitoreos realizados a dieciséis niños (6 niñas y 10 niños) algunos días o semanas antes de que fallecieran.

Las grabaciones poligraficas del sueño fueron comparadas con las de lactantes de un grupo control de características muy similares. El despertar fue observado como activación subcortical (despertar incompleto) o despertar cortical (despertar completo). Los despertares corticales fueron perceptiblemente menos frecuentes en las víctimas que sucumbirían al SMLS en el futuro que en los infantes del grupo control tanto en fase REM como en no REM (p = 0.039). La frecuencia (p = 0.017) y la duración (p = 0.005) de la activación subcortical representaron una significancia mayor en los lactantes que murieron de SMLS que en los infantes del control durante el sueño REM. Comparado con los niños normales, los que murieron más adelante de SMSL tenían una activación subcortical más frecuente en la primera parte de la noche, entre las 9:00 P.M. y las 12:00 A.M. (p = 0.038), y pocos despertares corticales durante la última parte del sueño, entre las 3:00 y las 6:00 mañana (p = 0.011).

Para los autores de la publicación, los actuales datos sugerirían que procesos incompletos del despertar durante el sueño caracterizaron a los lactantes que murieron eventualmente a causa del síndrome de muerte súbita, si bien, no se podría demostrar una relación concluyente con el acontecimiento fatal final.