Numerosas funciones biológicas, mentales y de comportamiento presentan oscilaciones circadianas que son orquestadas por un marcapasos central en el cerebro.  Mientras que la periodicidad de estos ritmos en condiciones naturales es uniforme (24 horas), su fase muestra una considerable variabilidad interindividual. Esta variación es lo que se denomina cronotipo. Existe una predisposición genética para el cronotipo, que cambia a lo largo del desarrollo y determina la variación individual en el horario diurno de diversas funciones, como el sueño y las actividades cognitivas y físicas. 

Los patrones de actividad diurna difieren sustancialmente entre los individuos, siendo los madrugadores y los dormilones ejemplos de cronotipos opuestos.  La creciente evidencia sugiere que el cronotipo tardío influye significativamente en el riesgo de desarrollar trastornos del estado de ánimo, obesidad, diabetes y otras enfermedades crónicas. A pesar del enorme potencial de utilizar esta información, los factores que conforman los cronotipos siguen siendo poco conocidos. 

Un estudio liderado por los profesores Tamar Shochat y Eran Tauber de la Universidad de Haifa, junto con la profesora Naama Geva-Zatorsky del Technion revela ques distintos cronotipos están asociados a diferentes composiciones del microbioma intestinal. Mediante un análisis de secuenciación metagenómica,se estableció una firma distinta asociada al cronotipo basada en dos géneros bacterianos: Alistipes y Lachnospira.  Se identificaron tres vías metabólicas asociadas con el cronotipo temprano y los investigadores vincularon distintos patrones dietéticos con diferentes cronotipos.

Dado que la dieta es un factor importante que influye en la composición del microbioma intestinal, el equipo analizó el consumo de alimentos de los participantes quienes informaron de la frecuencia de consumo semanal de 13 tipos de alimentos (por ejemplo, carne de vacuno, pollo, pastelería, frutas y verduras) y bebidas (agua, bebidas azucaradas o dietéticas). El cuestionario se basa en la encuesta nacional israelí sobre salud y nutrición. Los recuentos de alimentos se analizaron mediante un análisis de componentes principales . El primer componente principal (PC1, 17,7%) reveló una importante diferencia dietética entre los participantes que consumían una dieta alta en fibra/frutas/verduras y los que tenían azúcares simples/alta proteína.

Se identificaron varias vías metabólicas que diferían entre los cronotipos, en particular la gluconeogénesis, que se sabe que está bajo una estricta regulación circadiana en las células del huésped. Curiosamente, la gluconeogénesis intestinal es activada por los ácidos grasos de cadena corta (AGCC), en particular el butirato, producido por la fermentación de las fibras solubles por las bacterias intestinales. Las pruebas sugieren que los AGCC sirven como moléculas de señalización entre la microbiota intestinal y el metabolismo del huésped. Además, la especie de Lachnospira identificada como marcador del cronotipo tardío, es miembro de una familia conocida por sintetizar butirato. 

En conclusión, el trabajo demuestra una asociación entre el microbioma intestinal y el cronotipo y puede representar un primer paso hacia el desarrollo de intervenciones dietéticas destinadas a mejorar los correlatos perjudiciales para la salud del cronotipo tardío.