Las alteraciones en la microbiota pueden tener consecuencias patológicas, lo que pone de relieve la necesidad de comprender los factores que contribuyen a su estabilidad. Aunque décadas de investigación se han centrado en la importancia de la inmunoglobulina A (IgA) durante una infección, gran parte de los niveles del anticuerpo que se genera en el intestino también se dirige a  microorganismos comensales residentes. A pesar de esta observación, el rol de los anticuerpos en la regulación de la composición de la microbiota sigue siendo controvertido y poco comprendido.

Jason Kubinak y June Round de la Universidad de Texas propusieron que los anticuerpos generados en respuesta a la colonización del intestino determinan la composición de la microbiota para beneficiar la salud del hospedero a través de un proceso que denominaron inmunoselección mediada por anticuerpos (AMIS, por sus siglas en inglés).

Los mecanismos que influyen en AMIS se basan en el tipo de interacción anticuerpo-microorganismo. Algunas bacterias pueden secretar enzimas que degradan anticuerpos secretables como IgA, lo que perturba la estabilidad de la molécula del anticuerpo, haciéndola ineficaz. Contrariamente, otros microbios pueden expresar epítopes proteicos en su superficie, a los que se une IgA, lo que facilita la colonización del revestimiento mucoso en el intestino. Debido a que algunas de estas bacterias pueden expresar epítopes de superficie que son muy similares a los presentes en otros microorganismos, anticuerpos generados contra una clase de estos microbios puede conducir al diseño específico de anticuerpos que puedan unirse adicionalmente a bacterias que presenten similitudes estructurales en sus epítopes, para de esta forma favorecer una colonización beneficiosa para el organismo.

En síntesis, dada la exquisita especificidad de las inmunoglobulinas y el emergente interés en el uso de inmunoterapias, la comprensión de la inmunoselección de la microbiota permitirá el uso de nuevos anticuerpos para manipular las comunidades microbianas con fines terapéuticos.