Los estudios sobre el impacto de la genética del huésped en la composición del microbioma intestinal se han centrado principalmente en el de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en la composición del microbioma intestinal, sin tener en cuenta su impacto colectivo o las funciones específicas del microbioma. Los billones de organismos individuales que lo constituyen tienen un gran impacto en la función metabólica, la enfermedad y la salud en general. Lo que no está tan claro es cómo y hasta qué punto está, a su vez, determinado por el genoma de su huésped.

Una investigación de los científicos de Cornell exploró está relación ampliando el conocimiento del papel que desempeña. Ilana Brito, profesora adjunta y becaria de la Facultad del Sesquicentenario de la Familia Mong en la Escuela de Ingeniería Biomédica Nancy E. y Peter C. Meinig y sus coautores pudieron demostrar casos en los que la composición genética del huésped afectaba directamente al rendimiento del microbioma intestinal.

Los métodos tradicionales para asociar estos rasgos implican la comparación de un único genotipo con una única especie o vía microbiana (uno contra uno) o  con un conjunto de especies (pruebas de asociación uno contra muchos, correlación de rangos de Spearman). Mediante un enfoque computacional y de modelización único, el equipo de Brito pudo identificar los polimorfismos de un solo nucleótido se correlacionaban con rasgos, trastornos y cánceres asociados al microbioma. Se descubrió que tanto las funciones microbianas, como las proteínas del sistema de secreción o la resistencia a los antibióticos, están asociadas a la genética del huésped. 

En conclusión, identificaron muchas funciones y vías bacterianas que están asociadas a la genética del huésped. Los sistemas de secreción, especialmente los de tipo VI, son utilizados por las bacterias para interactuar entre sí en el microbioma de forma antagónica y cooperativa. Las vías relacionadas con el transporte también están asociadas a la genética del huésped en esta población.